一、液體樣本
液體樣本處理原則：所有的液體樣本，用無菌管收集，2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），如果以后碰到其他的液體樣本，也按這個方法，納入匯總表。
1、血清：用無菌管收集，室溫血液自然凝固10-20分鐘，2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），仔細收集上清，保存過程中如出現沉淀，應再次離心。
2、血漿：應根據標本的要求選擇EDTA、肝素鈉或檸檬酸鈉作為抗凝劑，混合10-20分鐘后，2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），仔細收集上清，保存過程中如有沉淀形成，應該再次離心。
3、尿液：用無菌管收集，2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分）。仔細收集上清，保存過程中如有沉淀形成，應再次離心。
4、胸腹水：用無菌管收集，2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），仔細收集上清，保存過程中如有沉淀形成，應再次離心。
5、腦脊液：用無菌管收集，2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），仔細收集上清，保存過程中如有沉淀形成，應再次離心。
6、唾液：用無菌管收集，2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），仔細收集上清，保存過程中如有沉淀形成，應再次離心。
7、細胞培養上清：檢測分泌性的成份時，用無菌管收集。2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），仔細收集上清，保存過程中如有沉淀形成，應再次離心。
8、牛奶：用無菌管收集，2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），仔細收集上清，保存過程中如有沉淀形成，應再次離心。
9、蜂蜜：用無菌管收集，2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），仔細收集上清，保存過程中如有沉淀形成，應再次離心。
10、全血：用含有抗凝劑的無菌管收集，立即輕輕搖動，來回輕輕顛倒數次，使血液和抗凝劑混勻，以防血液凝固。 

二、固體樣本
固體樣本處理原則：稱取1g的固體樣本，用9g的合適緩沖液溶解，分泌蛋白可以直接離心取上清檢測，細胞內的蛋白，要先收集細胞，再用合適方法破碎，離心取上清測試。
1、組織標本：切割標本后，稱取1g組織，加入9g的pH7.2-7.4左右的PBS，用手工或勻漿器將標本勻漿充分。離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），仔細收集上清。分裝一份待檢測，其余冷凍備用，保存過程中如有沉淀形成，應再次離心。對于植物組織，不好勻漿的話，就在液氮中充分研磨；

2、細胞內蛋白樣本
許多待測蛋白不是分泌蛋白，而是存在于細胞內的蛋白，這個時候，要先收集細胞，洗滌干凈，再破碎細胞，離心取上清。
（1）培養的細胞
A、動物細胞：用PH7.2-7.4的PBS稀釋細胞懸液，使細胞濃度達到100萬/ml左右。通過反復凍融（如果反復凍融，破碎效果不好，就采用超聲波破碎），以使細胞破壞并放出細胞內成份。2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），仔細收集上清，保存過程中如有沉淀形成，應再次離心。
B、植物細胞：用PH7.2-7.4的PBS稀釋細胞懸液，使細胞濃度達到100萬/ml左右，置于冰盒上，用超聲破碎儀，設置破碎2s，冷卻30s的方式，充分破碎細胞，以使細胞破壞并放出細胞內成份。2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），仔細收集上清，保存過程中如有沉淀形成，應再次離心。
（2）組織的細胞
切割標本后，稱取1g組織，加入9g的pH7.2-7.4左右的PBS，用手工或勻漿器將標本勻漿充分。2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），去除上清，再用pH7.2-7.4左右的PBS小心洗滌沉淀的細胞三遍。再用上述的細胞破碎方法破碎細胞。
3、土壤：稱取1g土壤，加入9g的pH7.2-7.4左右的PBS，用手工將標本充分混勻。2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），仔細收集上清。分裝一份待檢測，其余冷凍備用，保存過程中如有沉淀形成，應再次離心。如果是測分泌蛋白，直接取上清檢測，測試細胞內蛋白，要破碎細胞。
4、咽拭子：加入2g的pH7.2-7.4左右的PBS，溶解咽拭子頭部，搖勻，用鑷子取出咽拭子并擠干液體，2-8℃條件離心20分鐘左右（2000-3000轉/分），仔細收集上清。分裝一份待檢測，其余冷凍備用，保存過程中如有沉淀形成，應再次離心。如果是測分泌蛋白，直接取上清檢測，測試細胞內蛋白，要破碎細胞。
5.植物標本中相關酶或蛋白的測定：（粗提取）
1、新鮮植物組織請在液氮中充分研磨；
2、加入樣品體積9倍的提取液（pH?7.4?PBS緩沖液）,3、?請于4度，8000rpm，離心30分鐘，取上清并暫時保存于4度待用。 

三、樣本收集注意事項
1、不能檢測含NaN3的樣品，因NaN3抑制辣根過氧化物酶的（HRP）活性。
2、標本采集后盡快進行實驗，若不能馬上進行試驗，可將標本放于-20℃保存，但應避免反復凍融。
3、我們羅列的是通用的樣本處理方法，無法涵蓋各種樣本，對于一些特殊樣本，建議實驗人員多參考已發表的文獻，自行設計合理的樣本處理方法。